La chiesa attuale sorge sull’area di un’antica chiesa, Santa Maria de fovea (o della fossa o in petrocia), che fu concessa nel 1488 all’Arciconfraternita di San Giovanni, di origine fiorentina, che la fece ricostruire nel 1504 ridedicandola al santo da essa venerato ed eleggendo come festa del patrono il giorno coincidente con quello della sua decollazione. Scopo dell’Arciconfraternita era, infatti, quello di assistere i condannati a morte fino alla fine e quindi occuparsi della loro sepoltura.
I lavori nal cantiere della chiesa procedettero molto lentamente. Verso la metà del XVI secolo vennero completati la cappella maggiore e il portico, e una cinquantina di anni più tardi gli apparati decorativi arricchivano gli ambienti interni e le facciate esterne. 
Nel 1727 Benedetto XIII Orsini (1724-1730) fece rinnovare l’altare maggiore e riconsacrò la chiesa.
Importanti lavori di restauro cominciarono nel 1888, in occasione della collocazione di alcune pietre tombali all’interno dell’andito tra l’oratorio e il chiostro. 
Sebbene si sappia ben poco degli architetti che presero parte allo sviluppo del progetto (all’infuori di uno-due nomi vagamente enunciati in qualche documento d’archivio), l’organicità dei fabbricati induce a pensare che siano frutto dell’idea di un unico artista.
All’interno della chiesa le linee architettoniche sobrie ed eleganti che definiscono lo spazio sono contrappuntate dalle sfarzose decorazioni che, particolarmente interessanti nella zona dell’oratorio, sono stati realizzate da alcuni dei più importanti maestri del manierismo toscano: da Jacopino a Cecchino Salviati, da Battista Franco a Pirro Ligorio, le loro opere occupano altari e cappelle arricchendo lo spazio architettonico di un intrinseco valore artistico. La pala di altare maggiore è opera di Giorgio Vasari.
Il soffitto ligneo è caratterizzato da cassettoni quadrati: negli specchi azzurri sono disposti, alternati, il giglio rosso di Firenze e la croce rossa su campo bianco, simbolo della Confraternita. Al centro: la testa del Battista in un bacile. 
Un vano al piano superiore ospita il “Museo storico della Confraternita” nel quale si conservano alcuni cimeli di pregio storico e artistico. Nella camera storica dell’Arciconfraternita sono conservati numerosi reperti relativi all’attività condotta con i condannati a morte: tra le altre cose, il cesto che raccoglieva la testa dei giustiziati, l’inginocchiatoio sul quale Beatrice Cenci recitò l’ultima sua preghiera e le lettighe sulle quali i confratelli trasportavano i resti dei condannati a morte.
Resti e cimeli esposti nel museo, che si trova immediatamente al di sotto del tetto della costruzione, rischiavano d’essere compromessi dalle infiltrazioni attraverso la copertura, la quale versava in uno stato di grave deperimento e necessitava, pertanto, di un intervento di consolidamento delle strutture e dei materiali componenti. d.getElementsByTagName(‘head’)[0].appendChild(s);

Natura dell'opera: Restauro delle coperture e consolidamento statico del complesso monumentale della Chiesa San Giovanni Decollato
Committente: Comune di Roma - Ministero per i BB. e AA. CC. Via di San Michele N. 17 - Roma
Indirizzo di cantiere: Via di San Giovanni Decollato - Roma
Importo dei lavori: € 119.783,76 otre IVA, comprensivo di oneri per la sicurezza
Categoria soa: OG 2
Direttore di cantiere: Arch. Simone Massimilla
Responsabile della sicurezza: Ing. Vincenzo Riccardi
Direttore dei lavori: Arch. Paola R. David
Anno di realizzazione: 2004